在中侏罗纪到白垩纪长达一亿多年的时期内，银杏演化史一直因缺少繁殖器官化石材料而缺乏实证。周志炎院士和郑少林研究员根据辽宁义县早白垩纪(距今1.2亿年)地层中发现的银杏种子印痕化石，将其分为两个类型，一类是与现代生存银杏更为接近的无柄银杏(Ginkgo apodes)，另一类是比侏罗纪义马银杏进化，但较无柄银杏略微原始的银杏。在早白垩纪以前地层中发现的银杏繁殖器官化石，都具有珠柄和多个种子，叶片通常分裂较深，而新生代和现代生存银杏成熟时，正常情况下只有一个种子，并且都不具珠柄，叶片全缘。无柄银杏正是这一关键时期的“过渡类型”。它在叶的形态和种子数量上还保存着古老银杏的特征，但在繁殖器官的形态上很接近于新生代——现生银杏。这一发现表明，在一亿两千万年以来的漫长岁月里，银杏属演化已趋于缓慢，处于演化史上的迟滞阶段。无柄银杏的发现填补了侏罗纪义马银杏和现生银杏之间一段演化上的空白，充分证明了银杏属内胚珠器官退缩和最终消失、胚珠体积不断增加和数量相应减少这一演变过程，也为人们一直推测的银杏类植物以退缩为主的演化趋势提供了充分的佐证。十分有意义的是，这样的演化过程和人们早已推断的现生银杏个体发育过程是相符合的。义马银杏和一些早期的银杏的叶片与现生银杏新枝、树苗上的叶片外形相似，并且它们具有珠柄和多胚珠的胚珠器官就像是放大了的现生银杏幼小未成熟的胚珠器官。解剖构造研究表明。，具有维管束的银杏叶，其个体发育过程也和已经证实的银杏类植物的叶在地质时期中融化、蹼化的系统发育过程全然吻合。这种典型的演化迟滞和个体发育“重演”系统发育过程的实例，是生物学家和进化论学者十分重视的科学现象。泄露这种自然界奥秘的，正是我们珍爱的“活化石”银杏。

恩格斯在《自然辩证法》一书中指出:“一切对立都经过中间环节而互相过渡。”银杏拥有漫长的演化过程，正可视为探索植物进化过程的中间环节，无怪乎它能在分类学上占据一个特别的位置。

从发生学上看，银杏是陆生的裸子植物，但其雄花小孢子叶具有分离而下垂的花粉束，尤其是每个花粉粒萌发为花粉管后，前端破裂产生两个螺旋状具有许多纤毛且能流动的精子。这与蕨类植物和苏铁类植物的原始性状相类似，也是其他裸子植物所不具备的特征。银杏种子有三层种皮，即肉质外种皮、骨质中种皮和膜质内种皮，这与苏铁类植物相同，而大多数裸子植物并无这种结构。可见，银杏和蕨类植物及苏铁类植物有着密切的亲缘关系。

从形态上看，银杏具有二出分歧式叶脉，这与蕨类、苏铁类植物和原始的种子植物——种子蕨的原始性状颇为类似，而其他裸子植物均无此特征。

从解剖学上看，银杏具有宿存形成层的初生外韧维管束，能形成一般的生长轮，这与其他裸子植物颇为类似;其髓部和皮层中存有很多的分泌道，尤其多见于髓部，这与苏铁类相似，却与其他裸子植物大相径庭。

既非此即彼，又亦此亦彼，银杏还有许多耐人寻味的问题，等待人们去深入探索。