从广义上讲种质资源研究内容包括:①基础研究:植物学性状、分类学、生理生化、细胞遗传学、生态学及地理分布等方面的基础研究。②经济生物学性状研究:丰产性研究、种实品质研究、越冬性研究、生育期研究等。③核型分析。④染色体显带。⑤同功酶分析。⑥种质资源评价等诸多方面。

    邢世岩、吴德军等(2000)从收集的48个全国核用品种发现，马铃类共18种，占37.5%,梅核类15种，占31.3%;长子类1种，占2.1%;佛指类10种，占20.8%;圆子类2种，占4.2%。可见，我国核用银杏马铃类最多、其次为梅核、佛指类和圆子类，而长子类较少。此外，还有一些奇特的种类。马铃类、梅核又可分为大、中、小三类。作为划分银杏核用品种最主要的形态特征是种核类型、种核侧棱、背腹形状及是否有麻点。

    江苏邳州市银杏科学研究所，自1989年建立银杏种质资源圃以来，从国内外共收集、嫁接92个品种类型，为了解这些品种在个体生长发育所表现出的规律，对其中1998年以前各年度收集嫁接的74个品种的干粗、树高、冠幅等生长进行测定，从测定的数据显示，胸径生长量较大的有‘铁马4号’、‘泰兴4号’、‘都城马铃1号’、‘鸭屁股’、‘盘县大白果’等;高生长较大的有‘泰兴4号’、‘湖北1~4号’、‘吴县小圆子’等，另从分年度收集嫁接的生长相比较，虽然砧木年龄相同，但是，早收集嫁接要比晚收嫁接的生长量大。进入20世纪90年代末、21世纪初，国内外银杏种实分子水平研究及良种数量遗传分析，不断深化，并取得较大进展。邢世岩等(2001)首次在《园艺学报》上报道了我国银杏50个核用品种种子数量性状遗传分析及多性状选择(山东省科委银杏核用品种选育资助)，湖南省安化县林业局，结合湖南省“九五”科技攻关项目“银杏优良种源、家系、无性系配合选择研究”发表了《我国银杏遗传变异研究之一——种核性状的群体间和种群间差异》。表明，遗传改良以在遗传变异丰富的群体内开展基因型选择最有前途。北京大学药学院的刘淑倩等(2001)通过银杏不同变异类型的RAPD指纹图谱分析证明，24个雌株和4个雄株类型分析表明，供试品种间遗传多样性水平较低，遗传相关较近。结论是，开发银杏种质资源时，首先任务是扩大银杏的自然变异率，并在此基础上，通过无性系选择方式，选育药用银杏新品种。陕西省西北林学院的毕春侠等(1998)通过对10个品种的过氧化物同工酶酶谱分析表明，发现不同品种的银杏在酶带及Rf值上存有差异，按酶带类型将10个品种分成4类。河南农业大学的苏金东等(1999)对我国42个品种13个性状的模糊聚类发现，可以分成5类。分类结果证明，同一类群并非与形态分类相符，即同一类群可能包括佛指类和马铃类。王建等(2000)证明，就银杏枝、花、种子在树冠上的分布格局来看，种子主要分布在距地面1.8~3.2m的冠层内，占总种量的51.3%。韩国的金守仁(1995)也对不同品种的染色体、核型进行分析，并发现不同品种存有较大差异。安徽农业大学的胡蕙露(1998)进行N+离子注入银杏诱变相关育种效应的研究，结果表明，低能N+离子注入引起银杏形态特征的变化:芽萌动时间提前，展叶率增加，成活率改善，开花数和开花枝增多，新梢伸长长度增加，结果明显提前，离子注入引起银杏有效成分黄酮含量与对照有显著差异。1992年，Weigel等指出LEAFr是一个花分生组织特征基因，LEAFr基因的大量表达可促进植物提早开花。浙江农业大学的张建业等(2002)对银杏LEAFr同源基因进行了成功分离和克隆，并比较了银杏雌雄株LEAFr基因的异同，为通过转LEAFr基因来培育童期较短的银杏良种奠定了基础。北京林业大学陆海、王沙生等(2001)利用PCR方法成功地从木本植物银杏基因组总DNA中扩增克隆得到本质部细胞特异性表达的富甘氨酸蛋白质基因(GRPl.8)的启动子，并克隆到pUC18载体中，与菜豆的序列比较发现，碱基同源性高达98%以上，除发现启动子特有的TATAbox序列外，还发现在菜豆序列中所没有的GATAG碱基序列。该序列已在GenBank注册。陈鹏等对江苏4个优株种实产量及营养指标进行了详细分析。