银杏系长寿树种，根系随年龄而不断延伸，因此银杏的年龄愈大银杏的根系越庞杂，观察研究也就越困难，所以银杏根系方面的研究至今报道不多，即便有些报道，也多偏重于银杏幼树的观察。

银杏的1年生播种苗，主根粗壮，侧根细短，主根长可达30-40cm，侧根长可达20cm,

水平或斜下伸展，根皮一般呈黄褐色，根尖白色。门秀元( 1981)曾对银杏大树的根系作过观察，观察的结果为:50年生的银杏，主根深1.5m，水平根长13.lm。 1000年生大树，主根未测，水平根长21.5m，银杏大树的树龄越大，生侧根的发育情况越难测定。有些银杏大树，由于近地面处主侧根部分可以出露于地表之上，因而有时也可轻而易举地进行观察。如江苏省如皋县九华山银杏（雄）高30m，胸径2.21m，枝展15-20m，侧根可见部分长达37m，山东省郯城县官竹寺银杏老神树（雄）高29.5m，胸径2.24m，枝展20m，侧根可见部分达18m。山东省诸城县灵芝镇寨里村有一70年生银杏树，高18m，胸径39cm，枝展8.lm，原栽于流沙岗上，风吹砂移使根系出露于地表之上，其最长的侧根达20m。各地群众对银杏侧根的伸长距离也有许许多多的观察，大多认为，大树银杏的侧根伸长很远，古老银杏的侧根向外延伸可达400 --500m。另外，银杏的根系有连生现象。如山东省诸城县灵芝镇寨里村有一银杏（雄）高22.6m，胸径1.13 m，枝展16.25m，距树的中心位置10m，地面下约1m的地方，有2支侧根交叉愈合，愈合处的粗径达9.6cm，愈合甚牢，不能分开（郭善基 1984）。

山东省郯城县港上乡王乔村的银杏，在苗木移栽定植之后，常自主根基部发出肉质粗根数条，形似椅腿，当地群众称“椅子根”。据王乔村农民王维杰观察，移栽定植后的银杏只有在“椅子根”出现时，苗木才会转旺生长。经切片观察， “椅子根”中含有较多的大颗粒状淀粉粒，似为银杏的营养贮藏器官，但其机制情况仍有待于深入研究。